Si l'âme existe, il me semble évident qu'elle soit fortement influencée par le physique, c'est à dire par nos perceptions matérielles, sensorielles, etc...
En somme, c'est le corps qui "forge" l'âme. Un traumatisme crânien, de même qu'un choc psychologique, peut profondément la changer.
Mais effectivement, il est maladroit d'admettre son existence alors que quasiment rien ne la "suppose" (pour l'instant, à de rares exceptions près, tout marche dans nos formules sans avoir à y intégrer un élément supplémentaire, l'"âme").
Cet élément inconnu devra rentrer en scène quand on aura débusqué une situation où nos simples connaissances scientifiques du moment ne suffiront pas à expliquer tous les détails.
(Pour ma part, je pense qu'on a déjà quelques pistes...)