Tu mélanges un peu là
le ftp est un protocole de trasfert, il n´a aucun moyen de te protéger contre des virus, et tu sais quoi c´est vrai pour tous les modes de transfert
si tu pompes un fichier, qu´il soit infecté ou non, bah ton seul rempart c´est ton antivirus, c´est tout
sinon pour tes autres questions c´est oui, oui et oui, encore que Filezilla n´est pas le seul bon client ftp, il y en a d´autres 