Ce que nous voyons de Jupiter est le sommet d´une couche nuageuse, d´une centaine de kilomètres d´épaisseur, où la température est de - 145 °C. La planète présente une rotation différentielle: la vitesse est plus grande à l´équateur ( 9 h 50 min) qu´aux pôles. Ce mouvement rapide de Jupiter étire les nuages, ce qui forme les zones claires et les bandes sombres. La grande tache rouge, découverte par Robert Hooke en 1664, est le sommet d´un immense cyclone, de 30000 km de long qui tourne sur lui-même en 6 jours.
Sous les nuages, l´atmosphère de Jupiter s´étend sur près d´un millier de kilomètres de profondeur. À ce niveau l´hydrogène et l´hélium passent à l´état liquide et s´étendent ainsi jusqu´à 55000 km du centre. À ce point, la pression atteint deux millions d´atmosphères et la température 10000 degrés. Dans ces conditions l´hydrogène reste toujours liquide, mais se comporte comme un métal. Cet hydrogène et l´hélium qui lui est mélangé subsistent jusqu´au noyau solide de la planète ( dont le rayon est d´environ 15000 km), celui-ci serait constitué de silicates, de métaux et de glaces et représenterait 20 à 30 masses terrestres.
Le champ magnétique de Jupiter Jupiter possède un champ magnétique important, dont l´intensité à la surface est une vingtaine de fois supérieure à celle de notre planète.
Ce champ est celui d´un dipôle dont l´axe serait incliné d´une dizaine de degrés par rapport à l´axe de rotation de la planète, valeur comparable à celle de la Terre. La magnétosphère s´étend jusqu´à 5 millions de kilomètres de Jupiter, dans sa partie comprimée par le vent solaire; à l´opposé, elle dépasse l´orbite de Saturne.