Allez, depuis le début, à la fin de MegaMan X6 Zero demande à un scientifique reploid de le sceller dans une kapsule pendant 100 ans afin de faire disparaitre le virus k´il porte en lui tandis ke X continue son kombat kontre les Mavericks ( Reploids infektés par le virus Sigma dont Zero était le porteur originel)...
100 ans plus tard un gouvernement appelé Neo Arcadia ( ki l´a fondé n´est pas mentionné, cependant comme il s´agit d´une société humaine protégée par des Reploids on peut penser ke c´est X ki l´a kréée dans un premier temps et cela à des fins tout à fait louables) kommence à envoyer à la casse les Reploids de klasse inférieure prétextant ke se sont des Reploids suspectés d´être des Mavericks ( la raison pour lakelle se massacre à lieu est due en vérité à un manke d´énergie, ex : on dégage les plus faibles pour garder les plus forts), se met alors en place une résistance...
L´histoire du premier MegaMan Zero prend place 100 ans après la disparition de Zero, le jeu démarre avec un groupe de la résistance menée par la scientifike humaine Ciel, poursuivis par les forces terrestres de Neo Arcadia ils cherchent le légendaire Reploid, Zero...
le groupe est anéanti à l´exception de Ciel ki réussit à réveiller Zero, celui-ci détruit alors les forces de Neo Arcadia. Zero a alors perdu beaucoup de ses souvenirs du à sa longue hibernation mais Ciel lui explike la situation actuelle : la résistance est sur le point d´être anéantie et X en serait le responsable!
Ainsi Zero va accomplir plusieur missions pour aider la résistance pensant ke X a oublier ses anciennes valeurs, il affronte alors les 4 Gardiens de X : Harpuia, Fefnir, Leviathan et Phantom...
Alors ke la situation devenait critike Ciel avoue alors a Zero ke le X ki dirige Neo Arcadia est une kopie k´elle a elle même conçue suite à la disparition de l´original! Zero va alors se rendre au coeur de Neo Arcadia afin d´anéantir Copy X, dans la foulée le Gardien Phantom s´autodétriut espérant entraîner Zero dans la mort, en vain kar Copy X sera tué...
Zero se retrouve dans le désert, seul...
l´esprit du X original lui apparaît et lui parle un peu avant de diparaitre... fin de MegaMan Zero
