Yagami Light, un brillant étudiant du Japon classé premier national, tombe un jour sur un étrange cahier dont les instructions sont rédigées en anglais. En traduisant la première phrase, il obtient ceci : "les personnes dont le nom est écrit sur le cahier mourront"
Comme n´importe qui, Light n´y crois pas une seconde, mais il est tout de même tenté de faire un petit test. Il écrit alors le nom d´un homme passant à la télé alors qu´il fait une prise d´otage. C´est alors que l´incroyable se produit : le preneur d´otage meurs en direct, précisément 40 secondes après que le nom ai été rédigé.
Il le teste une nouvelle fois sur un violeur croisé dans la rue en précisant "accident" de la route à côté du nom.
L´homme meurt 40 secondes après, percuté par un camion.
Plus tard, un shinigami (dieu de la mort), lui rend visite et lui explique que le carnet, appelé Death Note, lui appartient et qu´il l´a perdu. Cependant, comme Light l´a trouvé, il lui appartient désormais. Le shinigami nommé Ryuuku se met alors à suivre Light pour l´observer et voir s´il se sert du carnet d´une façon "intéressante".
Light décide alors d´utiliser la Death Note afin d´épurer le monde en éliminant tous les criminels. Très vite la population se doute que quelqu´un se cache derrière toute cette histoire et commence à évoquer l´existence d´un dieu vengeur nommé Kira. Ce nom deviendra la nouvelle identité de Light.
Mais c´est sans compter sur L, un détective auquel fait appel interpole et pour lequel aucun problème n´est insoluble. Comme le nom et le visage de L sont tous deux inconnus, cela dérange Kira qui ne peut pas le tuer car il a besoin de les connaitres tous les deux.
C´est alors qu´une sorte de partie d´échec commence entre les deux rivaux, et dont les êtres humains seraient les pions. Manipulation, surveillance, meurtre, tout est bon pour arriver à devancer les intentions de l´autre pour l´attirer dans un piège qui lui ferait se dévoiler. L et Kira, sous le regard intéressé de Ryuuku, se livrent donc à un duel bien particulier : le premier dont l´identité sera découverte par l´autre mourra.