C´est pourtant simple :
Dans Baten Kaitos premier du nom, Le Duc Calbren, de Mira, n´est pas son oncle mais son grand père.
Il l´a élevée à la mort de ses parents, décédés d´une épidémie de peste dont elle est elle-même morte.
Aussi, il est intéressant de remarquer qu´elle est donc morte il y a neuf ans avant la fin du jeu. De ses parents, on ne sait quasiment rien, mais ils étaient appréciés.
Il y a notamment des tableaux d´eux dans la chambre de mélodia (ne cherchez pas, on ne voit rien, mais il y a un commentaire qui nous dit que c´est eux) et leur chambre est dans la pièce à droite à l´étage.
Ah, dernière chose, on les voit, tous les deux, dans un flash back, lorsque Calbren (le duc) avoue à Mélodia son passé (bref le fait qu´elle est morte).
On voit un médecin faire non de la tête, comme si sa guérison était sans espoir. Après un écran vide, on voit Calbren apporter le corps sans vie de Mélodia auprès de ses deux parents, eux aussi décédés de la peste (si s´en est vraiment une...) dans la chambre des miroirs.

Attention, NE LISEZ PAS si vous n´avez pas terminé Baten Kaitos Origins.
Mélodia est en réalité la fille de Sagi et Milly, deux des trois protagonistes de Baten Kaitos Origins.
Pour le pourquoi et le comment, je te laisse te référer au jeu.
Voilà 
en espérant avoir pû t´aider !