Bon,
J´vois apparement que vous pas bien compris l´histoire de Matrix.
Smith à été et est toujours resté un agent jusqu´à la fin du 1er épisode de la saga.
Smith est devenue le contraire de Néo, car quand Néo a vaincu Smith, il lui donné sans le vouloir par ecrasement de données ses pouvoirs, ou ses références comme vous voulez. Et c´est ainsi que Smith est devenue l´opposé de Néo, car Smith est pour la cause des machines ( enfin si on veut ! !!!) et que Néo est pour la cause de l´humanité de Zion.
Tous les autres élus sont morts, de vieillesse je pense, vu que quand l´élus va à la source, Zion est détruite, l´élus choisis 16 males et 8 femelles pour rebatir Zion, et donc l´élus n´est pas reprogrammer en agent comme vous l´avez dit.
Voila la vraie histoire ( selon moi, et aussi, d´après la trilogie...)
P.S : N´oubliez que Néo est le seul élus à avoir renoncé à la source, et se dirigé vers l´amour, en particulier l´amour qu´il a pour Trinity, c´est pour cela que Néo est allé dans la ville des Machines afin de ce servir de l´invasion de Smith aux yeux des machines pour créer une paix entre hommes et machines...
Allez bye.... 