Entrepôt à ogives:
On arrive par une porte entre-ouverte en rampant. A l´étage où on arrive, il y a plusieurs rangées de têtes nucléaires et 2 gardes NBC, ainsi qu´une caméra en face de l´entrée. Il y a une passerelle qui fait le tour de la moitié de la salle. On peut y accéder par 2 escaliers: l´un se trouve à droite, après la caméra, et l´autre à gauche. Sur la passerelle, il y a 1 garde NBC et une caméra. C´est par là qu´on accède à l´ascenceur. L´ascenceur nous mène au niveau B1. On arrive directement dans un couloir aux extrémités duquel se trouvent les toilettes des hommes à gauche ( où on trouve d´ailleurs un garde utilisant les urinoirs) et celles des dames à droite. En face de l´ascenceur, il y a une salle avec 4 autres petites pièces dedans. On y trouve le Diazepam, le Nikita, des rations et des munitions. La grande salle contient 2 gardes, et l´un d´eux est Meryl. En revenant dans le couloir précédent à gauche de l´ascenceur se trouve un autre couloir qui mène au bureau du commandant, lieu du combat contre Psycho Mantis, et l´accès derrière une étagère aux grottes infestées de loups. En reprenant l´ascenceur et en allant au niveau B2, on arrive devant un sas qui donne accès à un couloir rempli de gaz toxique et au sol électrifié. Ce couloir possède 2 petites salles du côté droit avec une caméra mitrailleuse dans l´une d´elles, et se divise en deux un peu plus loin. Par la gauche, on trouve plusieurs caméras mitrailleuses et 3 salles dans le même genre que les 2 premières. Le couloir mène au générateur qu´il faudra détruire par missile Nikita pour rendre le sol électrifié et donc le reste de l´étage accessible. En prenant à droite à l´embranchement, on traverse un autres sas, puis un couloir jonché de cadavres laissés en morceaux par Gray Fox, qu´on verra d´ailleurs achever un des gardes au fond du couloir. En traversant la porte dont le système d´ouverture/fermeture a été détruit par Fox, on arrive dans la salle d´ordinateurs où on trouve Otacon et Fox, que l´on combattra immédiatement. Cette salle est assez grande et contient plusieurs gros ordinateurs ( ainsi qu´une PlayStation noire) et des cloisons vitrées.