C'est pas pour rien que Kojima a décidé de les sortir dans cet ordre?
Je pense plutôt qu'il a sorti les épisodes les uns après les autres, avec à chaque fois la volonté d'appronfondie telle ou telle partie de l'histoire, au fur et à mesure, mais ça me parait plus logique de les faire par ordre chronologique, à savoir MGS 3, puis MGS 2 (en se renseignant sur le sénario de MG 1, MG 2, et MGS 1 si on ne les a pas fait).
Mais bon il est vrai que faire MGS 2 d'abord n'est pas pénalisant, étant donné le peu de références faites à Big Boss etc...