Pour ma part, les deux se valent, mais pas dans les mêmes domaines.
Niveau graphique et animations, oui, PW est mieux (et encore heureux). Les maps sont plus belles et plus étendues.
La gestion des troupes est aussi effectivement mieux pensée, et l'amélioration de la base en lien avec celle du niveau de qualification des troupes est juste énorme, on voit littéralement la base se développer au fur et à mesure, et comme cela se fait au fil du scénario, ça donne une nouvelle dimension, que l'on apprécie ou pas si l'on est un puriste ou pas du genre.
Après, le fait de développer des chips mexicaines ou 3 sortes de Curry différents, c'est gadget, très sympathique, mais gadget. Personnellement, moi j'aime, mais c'est sûr que l'on ne se sert pas de la moitié des trucs que l'on développe.
Pour les missions principales et secondaires... Il y a des missions secondaires dans OPS ? 
A moins que tu ne parles des missions du type : "Récupérer le couteau dans la prison", "Enlever les mines dans l'hôpital", etc.
C'est sûr, c'est sans comparaison, je les connais par coeur, et connais aussi bien les lieux précis où se trouvent les objets. ça ponctue le scénario mais c'est sans plus, celles de PW sont plus variées... Sauf en ce qui concerne les méchas, où ça relève carrément du recyclage !
Pour ce qui est des missions principales celles de PW sont très bien menées, mais ça tient plus aux décors somptueux et variés qu'au scénario... D'ailleurs il faut souligner que certaines sont vraiment très courtes, mais ça, c'est une volonté par rapport au support d'origine.
Pour ce qui est du scénario par contre, ma préférence va à PO, où je rejoins la_sedition sur le fait qu'il est (à mon sens) plus intéressant que celui de PW. Et je rajoute qu'il sert mieux la saga que ce dernier.