C'est plus compliqué que cela
Résumé de la chose:
Suite aux évènements qui constituent la fin de MGS3, Big Boss et le Major Zéro en voulaient à leur gouvernement de les avoir manipulé, eux et The Boss, et leur but était de réaliser le souhait du mentor de Naked Snake en unifiant le monde selon sa vision (et la leur jusqu'alors).
En gros, ils voulaient se rebeller vis-à-vis des Etats-Unis. Grâce à l'héritage des Philosophes (dont Zéro a récupéré la moitié à la fin de MGS3 puis la totalité à la fin de Portable Obs), Zéro a fondé les Patriotes avec son équipe (donc Big Boss, Para-medic, Sigint, Eva et Ocelot). L'organisation était si puissante (grâce à l'argent, à n'en pas douté) que c'est à partir de là que leur influence est devenue suffisante pour avoir la main-mise sur l'ensemble du pays (avec notamment l'autorité de choisir eux-mêmes le président, pouvoir déjà mentionné dans MGS2).
Mais, Big Boss se sentant utilisé (car trop souvent mis en avant pour son nouveau statut de Plus-Grand-Soldat-De-Tous-Les-Temps) et suite à un profond désaccord (vision de The Boss interprété différemment), il a quitté l'organisation, et suite à cela, les Patriotes se sont divisés en deux groupes, avec Big Boss, Eva et Sigint d'un côté et Zéro, Para-Medic et Sigint de l'autre. C'est suite à cela que Outer Heaven puis Zanzibar Land ont été fondé, Big Boss voulant s'émanciper de l'autorité toute-puissante de Zéro? Solid Snake était à chaque fois indirectement envoyé par Zéro pour arrêter Big Boss, chose qu'il a réussi à chaque fois. En conséquence, Zéro ne récupéra de son ancien ami qu'une coquille vide et la tristesse lui ayant fait perdre fois en l'Humanité, il jugea l'homme incapable d'exaucer le souhait utopique de The Boss (selon son interprétation) et le sien, d'où sa décision de créer cinq IA (dont JD la régulatrice et GW de MGS2) qui prendraient elles mêmes les décisions. On a donc bien à faire à des IA dans MGS2 (avec le colonel) puis MGS4 (avec les nanomachines et l'économie de guerre).