DVD 1 :
Les posters du jeu original ont été remplacés.
Certaines cinématiques ont été modifiées.
Une nouvelle réponse au questionnaire figurant au début du jeu ("J´aime MGS 3 !" ) permettant de débloquer la plupart des bonus du jeu directement.
Les camouflages disponibles grâce aux CD musicaux peuvent être débloqués en terminant le jeu ou en choisissant "J´aime MGS 3 !" en début de partie.
Les camouflages autrefois téléchargeables sur le site de Konami se trouvent dorénavant sur le disque lui-même.
Une nouvelle caméra 3D (en plus de l´ancienne) sélectionnée par défaut.
Est également disponible le Mode Démo
DVD 2 :
Les Secret Theaters, ces 17 vidéos parodiant MGS 3. Treize d´entre elles ont été d´abord diffusées sur le site de Konami. La bande-annonce de MGS 4 a été présentée à l´E3 2005 et Metal Gear Raiden : Snake Eraser, au TGS 2005, ce qui ne fait que deux exclusivités pour Subsistence.
Metal Gear, et Metal Gear 2 : Solid Snake tous deux sortie sur msx et nes.
Metal Gear Online . 8 joueurs peuvent être sur une même partie.
avec 5 modes différents :
-Solo DeathMatch
- Team DeathMatch
- Rescue Mission
- Capture Mission
- Sneaking Mission
DVD 3 :
Metal Gear Solid 3 : Snake Eater
MGS 3 monté par Hideo Kojima en film de 3h30 avec des scènes de gameplay pré-enregistrées pour faire le lien entre les cinématiques, et une narration réalisée par Jack N. Merluzzi.
Bande-annonce Metal Gear Solid 4 : Guns of the Patriots (TGS 2005)