MGS3, qui se passe dans les années 60, retrace l´aventure de Naked Snake, le premier "Snake" de l´Histoire.
Après sa mission, il reçoit le titre de Big Boss (je vais pas tout te raconter si tu viens d´avoir le jeu^^). Voyant ses compétences d´agent secret et de soldat, le gouvernement américain décide de le cloner: C´est le projet "Les Enfants Terribles" qui donne naissance à huit clones de Big Boss (ou neuf je sais plus), mais seulement trois d´entre eux survivent: Solid Snake, envoyé en Amerique, Liquid Snake, envoyé au Royaume-Uni, et Solidus Snake, envoyé en Asie.
Donc le héros du premier MGS est Solid Snake (à cette époque déjà considéré comme LE légendaire Solid Snake), sauf qu´il n´a pas de barbe. Le 2 se passant plus tard que le 1, Solid s´est juste laissé pousser la barbe. Dans MGS3, ce n´est pas Solid, mais Naked Snake (Big Boss), le père spirituel et biologique (si je puis dire) de Solid que tu joues.