MGS3 se passe en 1964, environ 50 ans avant MGS1 et MGS2 qui se passent dans les années 2000
le personnage que tu contrôle est Naked Snake, qui sera sacré Big Boss et sera cloné pour profiter de ses aptitudes exceptionnelles au combat (projet "Les Enfants Terribles")
ses clones sont au nombre de 8, dont la plupart sont morts sauf 3: Solid Snake (celui que tu contrôles dans tous les autres MG), Liquid Snake et Solidus Snake (encore que pour lui j´ai un doute
help!)
dans Metal Gear (attention, pas Metal Gear Solid mais bien Metal Gear le premier jeu de la série) Solid Snake tue Big Boss dans une base appelée Outer Heaven
si tu avais cherché un peu plus tu serais tombé sur un des nombreux topics qui racontent presque toutel´histoire comme celui-ci
https://www.jeuxvideo.com/forums/1-8173-3074870-1-0-1-0-0.htm
bonne lecture 