Déjà, ce que les Pätriotes veulent, c´est contrôler les humains pour éviter qu´ils réalisent des trucs incohérents ou insensés ( comme créer des bombes nucléaires pour se protéger ou mentir pour créer sa propre vérité)
En gros, c´est un peu comme on dit à l´enfant " ne fais pas ceci ou cela afin de respecter telle ou telle chose ou de ne pas nuire à celui-ci ou celui-là" ( peut-être un peu foireux comme exemple mais bon)
Après, c´est ce qu´ils disent, personne ne sait si c´est un discours pour mieux manipuler en trompant ou si c´est sincère 
Sinon, pour la représentation du Mal, je dirai qu´il y a mieux
Big Boss ne veut pas devenir le maître du monde ( nous ne sommes plus dans DBZ
) mais il semblerait qu´il veuille rétablir la liberté dans le monde en détruisant les Patriotes, comme Solidus
De plus, il n´était allié à personne, il n´était allié qu´à lui-même
Il était, en quelque sorte, terroriste agissant seul pour son propre compte
D´ailleurs, en 1995, il n´y avait plus de Guerre froide et il ne parlait pas de restaurer la puissance de l´URSS