En 2005, c´est l´opération à SHADOW MOSES, en Alaska.
Les patriotes ont placé à la tête des Etats-Unis George Sears, 43ème président des Etats-Unis, mais celui-ci n´est qu´un pantin au service des Patriotes. George Sears est en fait Solidus Snake, un des fils de Big Boss. Revolver Ocelot travaille avec Solidus Snake, et les deux travaillent pour les patriotes. Solidus et Ocelot décident de manipuler Liquid Snake, le troisième fils de Big Boss, afin d´avoir le Metal Gear et de se débarasser des autres fils de Big Boss. L´argent les attire également ne l´oublions pas.
Solid Snake est de nouveau envoyé par la Foxhound pour mettre fin à la menace de Liquid Snake. Solid Snake fait de nouveau équipe, et pour la dernière fois, avec Roy Campbell. Il est chargé de retrouver d´abord le chef de la DARPA mais celui-ci meurt d´une crise cardiaque. En réalité ce chef de la Darpa n´était qu´une doublure: il a été tué par Decoy Octopus, ancien membre de la Foxhound, qui pris son apparence ensuite pour avoir Snake par surprise. Malheureusement Decoy Octopus meurt d´une crise cardiaque.
Solid Snake rencontre Meryl, et là c´est le coup de foudre.
Solid Snake affronte ensuite Revolver Ocelot. Le combat est interrompu par un mystérieux ninja en camouflage optique qui coupe le bras droit d´Ocelot. Ce dernier s´en va très vite.
Snake libère un second ôtage, mais celui-ci meurt également d´une crise cardiaque.
Solid Snake affronte ensuite Raven dans un Tank. Celui-ci est un des membres de Liquid Snake et perd mais n´est pas mort pour autant, Snake le retrouvera plus tard.
Solid Snake fait face au Ninja. Il se rélève être Grey Fox ( et accessoirement le frère adoptif de Naomi dont il a tué les parents, celle qui aide Snake pour les soins via le codec). Grey Fox est bien mort à Zanzibar mais son esprit a été transféré dans un corps de ninja cybernétique et il ne cherche plus qu´une chose: se battre contre Snake, comme autrefois.
Au bout d´un long combat à mains nues, Solid Snake met au tapis Deepthroat ( nom que s´est donné Grey Fox, métaphore de Kojima par rapport aux nanas des films pornos et les acteurs avec leurs serpents...? . . . . . . ).
Snake fait ensuite face à Psycho Mantis qui a le pouvoir de lire les pensées des gens. Snake le bute.
Sniper Wolf, toujours membre de Liquid Snake, est une des meilleures snipeuses au monde et blesse très gravement Meryl. Snake n´a pas d´autre choix que de vite s´en aller, puis il revient bien dédidé à se venger mais il est fait prisonnier et va dans la salle de torture.
Revolver Ocelot torture à mort Snake tentant de le faire parler, en vain. Liquid apprend à Solid qu´ils sont frères génétiques, fils de Big Boss et que Solid a tous les gènes dominants, et lui tous les gènes récessifs. Il veut lui prouver que c´est lui le meilleur et qu´il ne se laissera pas dominer par ses gènes. Malheureusement son complexe d´infériorité lui causera sa perte.
Snake sort de la salle de torture en mettant du Ketchup ( de marque inconnue) et buter Sniper Wolf. Entre temps Snake avait rencontré Otacon, le créateur du nouveau Metal Gear: REX. Otacon avoue qu´il était amoureux de Sniper Wolf et la pleure. Snake s´en va et buter Raven pour de bon.
Ensuite alors qu´il voulait arrêter le Metal Gear Rex avec un système de clefs, il l´enclenche alors que Liquid n´avait pas trouvé la solution et bluffait tout ce temps. Il remercie Snake et va à bord du Metal Gear. Solid Snake démolie le Metal Gear, aidé par Grey Fox qui ressurgie, un bras en moins remplacé par une mitrailleuse. Grey Fox meurt cette fois pour de bon, piétiné par Liquid Snake à bord du Metal Gear Rex.
Le metal gear rex est finalement détruit et Liquid affronte Solid en duel à main nue en haut du metal gear. Solid gagne et fait tomber Liquid Snake de 10 mètres de haut. Snake sauve Meryl et ils s´enfuient en moto.
Mais Liquid les rattrape, et à la sortie alors que Solid est à bout de force et que Meryl est évanouie ( Otacon s´est échappé seul du complexe), Liquid revient à la charge avec une mitrailleuse et au moment de tirer sur Solid, il meurt d´une crise cardiaque.
En réalité les Patriotes avaient mis sur le costume de Solid Snake grâce aux nanomachine le virus FOXDIE pour que tous ceux qu´a entouré de près Solid meurent. Solid lui-même devrait mourir puisqu´il est exposé au virus mais a une telle volonté de survie qu´il en échappe. Solid, Meryl et Otacon s´échappent de cet enfer.
Ocelot dans une ultime transmission radio dit à Solidus qu´en fait, Liquid Snake était celui qui avait tous les gènes dominants.
2005-2007: Solid et Méryl se séparent.
Revolver Ocelot s´étant fait coupé un bras par Grey Fox, le bras droit, il se fait greffer le bras droit de Liquid Snake. Ironie du sort: à Shadow Moses, Ocelot était le bras droit de Liquid mais le contrôlait. Ici, Liquid est le bras droit de Ocelot mais le contrôle. En réalité, Revolver Ocelot étant le fils de The Sorrow, il a hérité de ses pouvoirs psychiques, et vu que son père pouvait communiquer avec les morts il le peut aussi à outre mesure, Liquid étant mort il est revivifié via Ocelot.
