Je crois avoir trouvé une solution !
J'ai rencontré le même souci, quand je voulais poser mon escalier je ne pouvais pas le mettre où je voulais car "plafond trop bas". Juste avant j'avais essayé de mettre mon toit, donc je ne sais pas si c'était une mauvaise manipulation de ma part ou un bug du jeu ... Enfin bref, je suis allée voir la gueule du toit avec le bouton pour monter les étages, et je me suis rendu compte qu'il était complètement cheaté. Du genre sur les côtés il était nickel, au niveau du plafond, mais dans la partie centrale de la pièce il était au niveau du sol (wtf).
Alors j'ai pris l'outil masse pour le détruire (il était modélisé sous forme de carrelage comme le sommet quand on choisit un toit plat) et j'ai refait les murs de l'étage, et j'ai reposé le toit. Et tout allait bien !
(oui oui je poste une réponse dix ans après l'ouverture de ce sujet, yolo)