Pour l'histoire des apprentis, non c'est pas Xehanort qui les a tué, sinon ils auraient pas pû avoir de sans-coeurs (donne la page du wiki où t'as lu ça, que je change, j'en suis le fondateur).
Pour votre histoire de Dieu des ténèbres, nan j'y crois pas. 
Les ténèbres sont apparues dans le coeur des gens lorsqu'ils ont commencé à convoiter la Lumière, c'est de là que ça vient (cf: légende des mondes, raconté en flashback par la grand-mère de Kairi dans KH1). Les Sans-coeur d'origine sont dérivés de ça, ils sont l'incarnation des ténèbres du coeur des gens, sûrement parce que certains ont succombé. Après, les sans-coeurs Emblèmes, eux, ont été créés par Xehanort et les autres disciples.
Maître Xehanort ne cherche pas les sans-coeur, ils les contrôle déjà dans BBS (il y en avait déjà, on voit des crypto ombre dans une cinématique), ce qu'il veut c'est recréer le monde unique, où la Lumière et les Ténèbres seraient égales, et qu'il y ai à nouveau la Guerre des Keyblades, qui a engendré la séparation des mondes, afin de tout comprendre.