C´est la classe d´espace aérien qui va limiter le vol VFR.
Le vol VFR est interdit en espace de classe A.
En amérique du nord, le classe A s´étend de 18000 pieds au FL600. En Europe, c´est probablement similaire, mais il me semble que certaine zone de très hautes densités de trafic sont également classe A, comme l´espace aérien entourant Paris.
Ensuite, la limite vient de l´aspect opérationnel et de la météo. Pour voler VFR à 16000 pieds (par exemple) sur une distance relativement longue (sinon aucun intérêt de monter si haut), il faut des conditions de vol VFR sur l´ensemble de la route, du sol à 16000 pieds : Rare, très rare... et surtout quasi impossible à planifier suffisamment longtemps à l´avance.
En revanche, après un départ sous plan de vol IFR, si il devient évident en vol que les conditions météo resteront bonnes, il est toujours possible d´annuler le vol aux instruments pour finir en VFR et éviter les délais qui pourraient être associés aux procédures IFR. Cela se fait couramment dans l´aviation légère et les petites compagnies.