Pour commencé, le temps séparant la saga Megaman et la saga Megaman X n'est pas de 30 ans, comme beaucoup semble le croire, mais plutôt 100 ans.
Cette confusion vient du fait que le Docteur Light a bien mis X en stase dans une capsule avec tout un protocole de test qui devait prendre au moins 30 ans pour que X ne soit pas un danger pour le monde, d'où la mise en garde pour celui qui tombait sur ladite capsule. Hors quand le Docteur Cain est tombé sur la capsule contenant X il s'était écoulé 100 ans environ.
En gros X a eu 30 ans de test continue et 70 ans de gros dodo.
Le Docteur Cain constatant que X malgré le fait qu'il fut construit 1 siècle avant, était bien plus évolué technologiquement que tout ce qui existait a son époque, a tenté de reproduire la technologie utilisé sur X avec plus ou moins de succès, d'où le terme réploïds qui est un mot valise pour répliqua et androïdes.
En quelque sorte X est le "père" de tous les réploïds apparus par la suite.
Concernant le cas Zéro, à partir de Megaman X4 on commence a comprendre que Zéro n'est pas un réploïd construit après la découverte de X par le docteur Cain, mais a été construit plus ou moins à la même époque que X. On découvre que Zéro a été construit par l'ennemie du docteur Light, le docteur Willy.
Zéro fut construit par le docteur Willy pour semblait être l'exact opposé de X, soit un destructeur de monde grosso modo.
Quand celui qui allait devenir plus tard le réploïd appelé Zéro s'éveilla une première fois, le commandant Sigma fut envoyé sur place est fut confronté violemment avec l'inconnu et Sigma fut "infecté" par une sorte de virus informatique contenue dans le corps de l'inconnue, virus qui sera connu plus tard sous le nom de "virus zéro" initial.
Ce"virus zéro" muta chez Sigma en une version légèrement moins virulent et moins puissant, le virus Sigma qui créera toutes les catastrophes vue dans les différents épisodes de Megaman X.
En soit Zéro est le "patient zéro" de la maladie qui rend les réploïds pacifiques à la base en maverick malveillant et voulant exterminé les humains, ou détruire la terre, c'est selon.