Non.
Soyons clair: dans le premier temps de l'effort, les réserves du muscle sont utilisées, que ce soit un effort long ou court (à part entraînement spécifique du muscle, comme pour les marathons ou des choses comme ça mais on en est pas là). Alors si on se fixe sur la dégradations de ces réserves (glycogène surtout, protéique un peu) oui, le muscle "rétrécit" un peu. Mais ça fait partie du cycle normal, et la récupération aura pour rôle de faire regrossir le muscle au-delà de la base de départ, pour rester schématique.
Quand l'effort est long comme sur un footing d'une heure, le développement sera préférentiellement sur des fibres rouges, plus fines que les blanches développées par les efforts courts et violents. Donc si tu n'équilibres pas ton entraînement de la bonne manière, il est possible que tu perdes un peu de volume cela dit.