Hitomi Hoshino est une lycéenne qui aime la voyance. Elle a d´étranges visions. Dans le royaume de Faermélie, situé sur une autre planète, on cherche à la faire venir afin que son esprit s´incarne dans une pierre, le cristal energhyste, qui est la source d´énergie du protecteur du royaume, le robot Escaflowne. C´est ainsi qu´elle se retrouve dans ce monde totalement inconnu. L´empire Zaibach, avide de pouvoir et de nouvelles sources d´énergie a envoyé Dilandor, un de ses seigneurs de guerre pour enlever la reine Escalina, afin qu´elle révèle les secrets du cristal. Le prince Burn et Hitomi partent pour Zaibach à bord d´Escaflowne, mais ne maîtrisant pas le robot, ils s´échouent en Astorie où le chevalier Allen leur vient en aide. Pendant ce temps, Faernélie a été totalement détruit par Zaibach et les rares survivants sont faits prisonniers. Pour le prince Burn, c´est la guerre.