On parle, bien évidemment du comic et non pas de la trilogie foireuses de Nolan, n'est ce pas ?
Donc pour moi :
Le Joker en first place (oui fallait pas le citer blah blah blah je m'en fout le Joker on le cite.); depuis ma plus tendre enfance je voue une forme de culte à ce personnage qui est la somme de toutes les perversions humaines. C'est l'ennemi parfait pour le Batman qui se veut être la somme des vertus humaines (et qui se vautre lamentablement dans cet idéal d'ailleurs).
En seconde place, je met L'Epouvantail (ou Scarecrows pour les plus puristes). C'est à mon sens le second méchant le plus représentatif de l'univers Batman (un univers sombre basé sur la violence morale et physique). Les comics les plus excellents sont d'ailleurs, souvent, ceux ont le Joker et l'Epouvantail s'allient : la Folie et la Peur, what else ? (d'ailleurs Nolan à prouvé son incapacité en faisant de ce personnage un bouffon pathétique de seconde zone...)
Harley Quinn et Catwoman, je les mettraient ex aequo en troisième.
Pour le reste ça varie, certains ont ma sympathie, d'autre moins.