Dans Seiken Densetsu 3, les magies varient d´un personnage à l´autre. Avant d´avoir changé de classe une première fois, seuls deux personnages apprennent des magies (Angela et Carlie). Pour ce, il faut augmenter respectivement intelligence et esprit lors d´une augmentation de niveau.
Les autres personnages n´apprendront de magies qu´après avoir effectué leur premier changement de classe. Dépendant des personnages, il faudra augmenter soit la vitalité, l´esprit, l´intelligence, l´agilité ou etc après avoir monté d´un niveau.