Samus est un mercenaire. Elle est envoyée en mission pour " nettoyer" les aliens qui posent des problèmes. Une de ses missions l´envoie sur une station orbitale au dessus de la planète TallonIV ( c´est le premier niveau d´intro du jeu). Suite à une explosion Samus rencontre une vieille connaissance : Ridley qu´elle croyait mort. Il a en fait été " remis à neuf" par les pirates de l´espace pour devenir méta-ridley. A l´issue de l´explosion, Ridley se replie vers Tallon IV. Samus, pour le retrouver et savoir pourquoi les pirates de l´espace sont venus ici, mais aussi pour trouver une civilisation qui pourrait l´aider à réparer son armure détruite par l´explosion, part à sa poursuite.