Premièrement, ce jeu n´est pas un FPS vraiment. C´est plutot une aventure comme un autre à la première personne.
Pour faire un bref résumé, on dit que les Chosos ( une race d´"oiseaux") avait toujours une bonne technologie mais qu´a un moment donné il sentait que la guerre devenait fréquente dans l´univers et se sont repliés sur la planète Tallon IV ou ils vivaient sans technologie. Apres plusieurs années un météroïte a percuté la planète libérant une susbtance/poison appelé le Phazon. Les Chosos avait tenté de le combattre mais n´y parvenait pas et plusieurs moururent et ils durent se construire un refuge haut au dessus de la planete Tallon IV, auquel on pouvait accéder en détenant les 12 artifacts éparpillés sur la planète.
Pendant ce temps une race appelé les "Space Pirats" ( pirates de l´espace), qui avait été balayé par Samus dans les jeux précédents, nétait pas encore complètement morts. Certains d´entre eux avait survécu et ils avait encore des échamtillons biologiques de Métroïdes et d´autres espèces. Ils ont séparé le groupe en deux, un alla sur la planète Zebes ou ils construisire une base souterraine et l´autre groupe de pirates devait aller chercher pour une planète avec assez de ressources pour s´installer. C´est alors quils ont trouvé Tallon IV peu après et s´y ont installé. Ayant découvert le "Phazon", ils ont décidé de l´expérimenter dans leur test biologique et ont remarqué que cela rendait les créatures plus agressives, plus grosses et plus puissantes. Ils ont donc décider de créer une armé de Métroides ´boosté´ au Phazon et ils l´utilise meme sur eux-meme pour faire des grands guerriers. Avec ces armées qu´il veule créer, ils entreprendre bien sure de conquérir les alentours et c´est au role de Samus ( qui l´aurait deviner?) de les en empecher.
FIN
: -)
En passant il n´y a pas vraiment d´histoire au début malheureusement mais c´est écrit qqchose dans le genre dans le livre d´instruction, lol.