Résumé de la saison 1 :
Samus fut chargée d´enquêter sur un mystérieux SOS aux limites de la galaxie. Quand elle l´eut rejoint, elle découvrit un puissant vaisseau en ruines, et visiblement abandonné. A l´intérieur, elle y découvrit des humains génétiquement modifiés, venant d´une autre galaxie, les Spaces Marines, du chapitre (= légion) des Blood Ravens.
Elle eut à combattre à leurs côtés contre les Nécrons, machines vivantes ne voulant qu´éradiquer la vie. Leur seul point faible était de détruire un monolithe, forteresse armée et mobile, source d´énergie des Nécrons. Lors d´une opération incluant des forces armées de la Fédération, ainsi que le chapitre des Ultramarines, elle découvrit que le dieu Nécron, le Nightbringer, voulait à tout prix tuer Samus Aran.
Il fut décidé qu´elle se rende dans l´autre galaxie, avec les Spaces Marines, pour vaincre les Nécrons, afin que ceux-ci ne puissent attaquer la Fédération, et que le Nightbringer soit vaincu.
Après un voyage sans trop d´embûches (mis à part une rencontre avec les Eldars noirs, des pirates), le vaisseau des Ultramarines rejoignit Lorn 5 pour ravitailler. Malheureusement, la planète était en guerre, et les marines eurent à se battre contre leurs anciens frères, des marines ayant trahi l´Empereur, les Spaces Marines du Chaos, et leurs légions démoniaques. Peu après, une importante bataille entre la Garde Impériale et les Nécrons eut lieu. Elle se solda par une victoire impériale.
Samus Aran se rendit ensuite sur Terra, où le capitaine Thule des Blood Ravens incorpora les quatrièmes et cinquièmes compagnies du chapitre, sous le commandement de Gabriel Angelos, maître du chapitre.
L´armée se dirigea vers la planète Kronus, où siégeaient d´importantes ruines nécrons, et le Nightbringer en personne. Durant le voyage, Samus fut invitée à participer à un hologramme d´entraînement. Elle choisit directement le dernier niveau de difficulté. A l´intérieur, elle découvrit d´étranges aliens (en hologramme) et lors de combats contre eux, alors qu´elle était en état critique, elle fut téléportée dans une salle étrange, où une mystérieuse entité lui confia les puissants pouvoirs de l´Empereur. Samus les essaya dans l´hologramme d´entraînement, et ils étaient vraiment efficaces. Malheureusement, les utiliser consommait beaucoup d´énergie, et Samus s´évanouit peu après son entraînement.
A l´arrivée dans l´orbite de Kronus, il y eut une bataille spatiale contre un destroyer Ork, une race alien extrêmement guerrière, et souvent très stupide. A l´intérieur, elle y rencontra un autre alien, venant de la race des Eldars. Celui-ci combattit Samus avec fureur, puis se dévoua au service de Samus. Il s´appelle Taranden Litillen.
Après une campagne sur la surface de Kronus, dont une bataille contre des Eldars, une énorme bataille devant les ruines nécrons eut lieu, engageant toutes les armées présentes sur Kronus. L´Impérium et l´empire Tau, des aliens ayant une très haute technologie, qui s´étaient alliés, remportèrent la bataille. Samus se rendit immédiatement dans les ruines, et les trouva désertes. Par contre, Taranden était présent, et lui raconta pourquoi le Nightbringer voulait la tuer, pourquoi l´Empereur lui avait confié ses pouvoirs : Elle était l´Élue, chargée d´éliminer les dieux nécrons (les C´tans). Peu après, il y eut une autre bataille, devant la capitale tau de Kronus, Ashari. Les nécrons furent défaits, et un combat s´engagea alors entre Samus et le Nightbringer, dieu de la mort.
Samus élimina son adversaire, qui prononça avant de déperrir : "Par ma disparition tu condamnes la galaxie".