Après avoir éradiqué les différentes météorites de Phazon, la Fédération a trouvé l'endroit d'où elles viennent : Une planète composée de Phazon, située à des milliers d'années-lumières. Elle attaque la planète (magnifique bataille entre les pirates et la Fédération, à laquelle on ne prends pas part)
Samus débarque sur la planète. Mais là, horreur, la corruption au phazon qui la guettait atteint son maximum. Samus ne peut plus quitter l'hypermode ! Elle se surcharge petit à petit de Phazon, à cause des attaques ennemies et de l'atmosphère de la planète. Elle peut perdre un peu de phazon en ramassant les classiques sphères à PV.
Au bout d'une avancée plus que difficile, Samus tombe nez-à-nez avec Dark Samus. *ne se souvient plus du combat, si quelqu'un peut le décrire ...
*
A la fin du combat, la mort de Dark Samus créé une instabilité de la planète, qui menace d'exploser. La flotte de la Fédération n'a d'autre choix que de partir, en laissant Samus à la surface ...
Une fois la flotte de retour dans l'espace fédéré, ils font le bilan de leurs pertes ... quelques vaisseaux, mais surtout la chasseuse de primes Aran ...
A ce moment, un vaisseau orange passe devant la passerelle du vaisseau amiral. Samus fait un signe de main, et envoye un message : "Mission accomplie"