En fait, dans metroid prime, tout s´enchaîne, tu peux te balader très librement selon que tu possède l´équipement nécessaire ou non(costume pour aller dans l´eau, porte qui ne s´ouvrent qu´avec certaines armes etc.). C´est unee seule grande mission, les pirates de l´espace cherchent à accéder au cratère d´impact et tu dois les en empêcher. Au fil de l´aventure, tu combats différents boss inhérents à l´environnement, liés à l´histoire du jeu ( plante génate, monstres victimes de mutations dûes au Phazon, l´élément clef de l´histoire...), tu traverses des mondes très différents qui sont liés entre eux par des ascenseurs ( monts enneigés, cavernes magmatiques, mines, surface tropicale, ruines d´une ancienne civilisation etc.)
Pour répondre clairement, ça ne se déroule pas dans l´espace mais uniquement sur une même planète : Tallon IV. Il n´y a pas vraiment de sous quêtes si ce n´est que tu dois trouver différents équipements/armes pour pouvoir progresser et avancer dans le sénario. Ce n´est pas des missions, tu te ballades aussi librement que tes armes/équipements te le permettent.
voilà voilà 
