Il faut se placer sur les flaques de Phazon pour passer en mode Hypermode, qui te permet de tirer des Rayons de Phazon qui sont les seuls à pouvoir tuer Metroid Prime.
Lorsqu´il disparait, il faut changer de viseur pour pouvoir continuer à le voir, donc viseur radioscopique, puis viseur infra-rouge, et enfin viseur normal, et ainsi de suite.
Pour te débarrasser des Metroid qui viennent pendant le combat, utilise le rayon de glace ou des bombes de puissance.