C'est simple, le héros, Desmond Miles, utilise une machine, l'Animus, qui accède à sa mémoire génétique et lui permet de revivre l'histoire de ces ancêtres. Ceci afin de trouver les clés qui aideront les assassins, une caste, à combattre les templiers, une autre caste, dans le monde présent.
C'est tout ce que tu as à savoir en gros car l'histoire qui se passe dans le présent est bidon et se limite à sa plus simple expression et les histoires qui se déroulent dans le passé, celles de ses ancêtres, sont sans rapport ou presque les unes avec les autres. Tu vas louper des clins d'œil mais c'est tout, te prend pas la tête.