Non ce ne sont pas du tout les mêmes jeux. Même les jeux qui existent sur les deux supports (les Sonic par exemple) sont en fait tout à fait différents selon la machine.
Petite info, si tu hésite sur laquelle acheter, il y a un adaptateur Megadrive pour jouer aux jeux Master System dessus. Mais bon ça n'utilise pas les manettes Master System donc pour les puristes c'est pas top. 