En réalité, il y a eu deux problèmes.
Sur les consoles de l'époque, il n'y avait que sur N64 que les FPS étaient vraiment jouables, mais le support cartouche + les coûts de développement sur la console posaient problème.
Par la suite, la Xbox proposait un pad vraiment bien pensé pour les FPS, de même que Nintendo avec la Gamecube. A l'époque de la PS1, il n'y avait pas tant de FPS que ça si on y regarde bien, tant sur consoles que sur PC. C'était un genre qui demeurait tout de même très minoritaire.
Maintenant c'est LE genre majoritaire sur tout support, sauf la Wii (fort heureusement).