L'essentiel, c'est de parvenir à impliquer le joueur dans l'histoire.
Le reste, on s'en fiche.
Des "Bad Ends" terribles, il y en a eues. Je pense par exemple à Silent Hill 2 et, dans une moindre mesure, Metal Gear Solid 4. (Spoiler)
Dans Silent Hill 2, on apprend que le héros ne retrouvera jamais sa femme qu'il croit chercher, parce qu'il l'a butée.
Dans Metal Gear Solid 4, on place le héros narratif en-dessous du héros scénaristique. Ocelot devient bien plus important que Solid Snake dans les 10 dernières minutes de jeu.
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Une Bad End, ça peut très bien le faire. D'ailleurs, beaucoup de grands jeux s'en sont servis. (Killer7, Shadow of The Colossus, MGS à plusieurs reprises, Silent Hill, etc...)
C'est à toi de réussir à faire partager les émotions nécessaires.
Dans l'exemple que tu donnes, pour parvenir à une telle fin, je te suggère d'assurer sur la profondeur et l'intensité du scénario et des personnages.