Le père de Sephiroth, c'est Hojo.
En gros Vincent voulait sortir avec Lucrétia, mais Hojo le lui a piqué ( on le vois lors d'une cut-scene, je sais plus à quel moment du jeu ) pour s'en servir comme cobaye afin qu'elle porte les cellules de Jénova ainsi que séphiroth.
Sinon c'est bel est bien Jénova que l'on poursuit tous le long du jeu, le vrais séphiroth étant emprisonné dans le cratère nord.