Mon top trois serait probablement (sans ordre précis):
Square-Enix (principalement pour les Final Fantasy)
Konami (Silent Hill, PES, Metal Gear etc)
SEGA (Virtua Fighter, Shenmue, Nights, Jet Set Radio etc)
On peut aussi parler de studio plus modestes et qui travaillent généralement pour des plus gros :
Team Ico (je connais pas leur nom exact, mais ce sont ceux qui ont pondu Ico et Shadow Of The Colossus sur PS2)
Camelot (pour les Shining Force, mais ils n´ont plus cette licence, SEGA l´a récupéré)
Clover (qui vient de fermer ses portes, les créateurs de Viewtiful Joe et Okami)
Et sûrement d´autres qui m´échappent 