Je pense que Flashget doit pouvoir permettre de reprendre un téléchargement au redémarrage.
Quant à JVTorrent, je l´ai utilisé pendant environ 17 secondes avant de l´envoyer à la poubelle, donc je ne peux pas t´aider.
Essaie plutôt Azureus, ou un autre client BitTorrent, parce que celui de jv.com est vraiment trop minimaliste à mes yeux.