L'atome est un concept de la doctrine atomiste, un courant philosophique de l'Antiquité grecque. Ce concept est avant tout philosophique puisqu'il permet de réunir l'intelligence de deux écoles de pensée grecques différentes et antérieures à Socrate que sont l'école ionienne et l'école éléate. Pour l'école ionienne, menée par Héraclite, la réalité n'était composées que de choses faites de contraires qui poussaient les choses à un changement perpétuel, changement que nous percevons tous les jours dans notre quotidien. Pour l'école éléate, menée par Parménide, la réalité n'était composé que d'un être absolu dont le simple fait d'être rendait impossible tout non-être, immuabilité du monde que nous comprenons par notre pensée. L'atome reprend à un niveau matériel l'indestructibilité de l'être (qui est à la base métaphysique) de Parménide en une infinité de petits êtres incassables et dont les multiples liaisons et déliaisons à un niveau imperceptible pour l'oeil humain constituent le changement du monde.
Le concept de l'atome sera repris dans la même époque antique par Épicure en lui attribuant un mouvement verticale dont la chute s'écarte d'un mouvement rectiligne qui fait que les atomes se bousculent les uns avec les autres. Cet écartement de l'atome en fin de chute se nomme le clinamen et introduit le hasard dans le concept de l'atome. Contrairement aux atomistes pour qui l'atome répondait à un défi philosophique de la théorie de la nature, l'école épicurienne se permettra de fonder une morale à partir de sa théorie de la nature.
Plus tard, la science moderne reprendra le concept de l'atome en le dépouillant de toute portée philosophique afin de répondre à ses problèmes de physique.
Donc la thèse [le monde est unifié] est d'ordre philosophique puisqu'elle appartient à une physique, une théorie de la nature.