Descartes disait qu'elle se trouvait non pas dans le coeur, mais dans un petit appendice se situant au milieu du cerveau, afin de mieux gérer le reste du corps.
Après, je ne sais pas, pour appuyer ce que dis Kanbei, si le fait que l'âme soit reliée au corps a une incidence sur la pensée et la réflexion, c'est plus une question physique que philosophique, dans l'absolu, les philosophes s'en foutent en effet, du moment qu'ils peuvent penser, après que l'âme soit dans le gros orteil ou le torchon de ma voisine... 
Bon après, si ça te semble une question "philosophique, c'est tout à fait dans ton droit de pensée, loin de là l'idée selon moi de te dire que tu pense comme un corps sans âme ou un enfant sans orthographe. 