Tout dépends de l'anticorps et de la variation de l'antigène.
Si l'anticorps n'est pas super spécifique et la mutation modifie peu l'épitope il pourra toujours s'y fixer.
Si l'épitope change du tout au tout et l'anticorps est ultra spécifique de l'antigène par contre il ne sera plus reconnu.
C'est le principe de la vaccination par BCG: le bacille Calmette-Guérin injecté n'est pas le bacille de Koch (respectivements Mycobactérium bovis et Mycobactérium tuberculosis) mais les anticorps produits après la vaccination BCG sont efficaces sur les bacilles de Koch de la tuberculose (principe de l'antigénicité croisée).