La diagonalisation de matrices sert surtout en physique (via le théorème spectral) pour déterminer certaines caractèristiques invariantes de systèmes. (Comme en mathématique on détermine les vecteurs invariants à un facteur près sous une une application linéaire, appelés vecteurs propres).
Par exemple en physique quantique cela sert à déterminer des symétries de réactions dans la collision de particules.
Cette diagonalisation a d'importantes applications dans les théories utilisant les symétries (aussi physiques que mathématiques).