Pour ce qui est de la tranformation de l´un en l´autre, je ne sais pas.
Mais pour ta question en elle même, la bonne réponse est : "ceci n´empêche pas cela".
En réalité, comme un certain Albert l´a découvert, il n´y a pas de différence (ou pas bcp) entre la masse et l´énergie (avec le ralation e=mc²).
C´est à dire que si un proton à beaucoup d´énergie (et c´est le cas dans un canon à proton je suppose vu qu´il est accéléré) alors, lors d´une réaction nucléaire, une transformation, il peut globalement perdre une partie de son énergie et la transformer en masse.
Par exemple dans une centrale nucléaire c´est le contraire qui se produit : des atomes très lourd se divisent en deux atomes dont la sommes des mases est inférieur à la masse de l´atome de départ. Et la masse perdu c´est transformé en énergie (là en chaleur et rayonnement) qui va produire de l´électricité.