Bonjour a toi,
perso j'y connais rien en traitement d'image, mais l'equipe d'e face fait ca. Donc j'ai ete leur pose quelques questions et voici ce qui ressort.
Ce qu'il te faut faire moralement c'est une segmentation a base de seuil. Ca devrait te permet d'isoler une partie des objets proprement. Cependant tes objets sont creux, donc tu peux avoir besoin de faire du bouchage pour eviter que la segmentation te pondent des anneaux, mais des vrai cercles.
A la vu des images, tu vas certainements avoir un probleme avec les techniques de seuilage, toutes les cellules vont etre fusionner. Pour les decoupers, tu peux essayer deux approches: une a base de cellule de voronoi et un autre a base de detection de centre + un algo de k-clustering.
Dans les gens dans le milieu academique qui font ce genre de chose tu as l'ecole des mines, jean pons et jean serra. Tu peux vouloir jetter un oeil a la morphologie mathematiques.
En terme d'outils, les algos super classique sont implementer dans le logiciel imageJ. Sinon les gens de cette communaute utilisent beaucoup matlab et certain plugin payant dont j'ai oublie le nom.
En googlant les different mot cle de ce message tu devrais arriver a trouver ce qui existe. Je ne pense pas qu'un logiciel fera exactement ce que tu veux en quelques clics, mais ca devrait etre possible a construire a partir des blocs de base a disposition.
J'espere que tu trouvera ce que tu cherches.
