Bonjour.

Sachez que j'ai arrêté la SVT depuis ma troisième donc mes compétences sont très douteuses sur le sujet.

J'ai un petit rêve d'informaticien (au sens où je me dis qu'un jour on pourra réussir à faire cela) qui s'apparente à du Jurassic Park allégé car restant purement virtuel. En entrée on analyse un brin d'ADN et en sortie sur l'écran (aprés calcul !) on a une représentation virtuelle en 3-dimension de l'espèce représentée par ce brin d'adn qu'on peut visualiser en fonction de l'âge.
Bien sûr je me doute que plein d'éléments extérieurs ou autres que l'ADN participent à la croissance d'une espèce mais tout ceci débouche sur une première question de ma part : Comment diable l'ADN régit l'imbrication des cellules dans le stade embryonnaire ? Qu'est ce qui fait qu'une cellule se spécialise, s'agence en fonction d'une autre ?

Grande question qui n'a peut-être pas encore trouvée toute sa réponse j'imagine (Sinon je ne vois pas ce qui empêcherait justement l'existence d'un tel logiciel sachant que de mémoire on sait maintenant analyser de A à Z les génomes).

Les gènes sont transcrits en ARNm puis traduits en protéines qui ont chacune des actions spécifiques et leur expression est régulée dans le temps par des mécanismes moléculaires et biochimiques ultra complexes.

Le temps qu'un programme analyse toutes ces données et fasse tous les calculs nécéssaires, il se sera passé probablement plusieurs années je pense.

Il faut savoir que le génome humain comporte 30 000 gènes et code environ pour 100 000 protéines.

les 30 000 gènes représentent seulement 10 ou 20% du génome, l'ADN possède 3 miliards de paires de bases: chaque cellule du corps humain comportant un noyau contient 2 mètres d'ADN.

Ensuite vient le souci des mitochondries qui contiennent aussi un ADN différent de l'ADN universel et qui entre en jeu dans le développement d'un individu.

Enfin bref je pense que la quantité de facteurs est trop importante pour être analysée en totalité à l'heure actuelle.

Mais ce concept me plait énormément, ce serait cool de créer virtuellement de nouvelles espèces en bidouillant un génome

(L'ADN on s'en fout un peu, c'est l'ARN qui est important. l'ADN est "juste" un "support stable")

La condition initiale de la cellule compte egalement enormement j'imagine.

Ben non justement lorsque tu analyse un génome dans sa globalité, tu ne va pas analyser un ARN, sinon tu n'analysera qu'une seule protéine.

à moins que tu analyse l'intégralité des ARNm d'une cellule mais dans ce cas tu obtiendra l'image de l'individu à un instant T et tu pourras pas voir son évolution dans le temps.

Et puis les phénomènes d'épissage alternatif des introns, de méthylation du génome et tous les autres mécanismes contrôlant l'expression de gênes à tel ou tel moment de la maturation d'un embryon, d'un foetus ou d'un individu se font sur l'ADN.

Les problèmes calculatoires sont affreusement complexe avec ça. Par exemple, le projet folding@home (dans lequel il vaut bien mieux participer plutôt que des trucs comme seti@home, par exemple) sert à calculer la géométrie de protéine dont la séquence est connu et c'est un projet qui à lui seul est monumental.

Mais il y a énormément d'autre facteur à déterminer, dont la géométrie de l'adn lui même ce qui va influer sur l'expression des gênes, donc on ne connaît de toutes manières pas très bien tout les facteurs (je crois). Et une fois ça fait, il faut encore calculer l'interaction entre les protéines, ce qui est un problème de chimie quantique à lui seul terriblement plus complexe que tout le reste (sans compter la simulation du système une fois toutes les interactions connues...).

Bref, il y a du chemin à faire avant dy arriver.

J'ai beau avoir précisé que je ne connaissais rien en la matière j'ai du mal à comprendre vos posts et qui plus est à voir un "Non c'est impossible" ou "Oui bientôt ce sera possible".

Dois-je comprendre qu'aujourd'hui nous sommes encore incapables de savoir comment les cellules s'agencent entre elles lors du stade embryonnaire ?

Non c'est encore plus compliqué que ça, en fait on ne peut pas savoir l'action qu'aura une seule protéine car elle dépend de trop de facteur à la fois.

Donc tu imagines le processeur qu'il faudrait pour calculer l'action des milliards de protéines qui sont dans une cellule, et à l'echelle d'un individu, dans ses milliards de cellules qui le composent.