Parmi les hypothèses scientifiques, on a souvent évoqué des perturbations magnétiques et des flatulences océaniques, soit des émissions sous-marines d'un gaz hautement inflammable, le méthane dont la présence sous forme de bulles dans l'eau diminue fortement la densité de l’eau jusqu’à provoquer une perte de flottabilité pour les bateaux (voir hydrate de méthane). La présence de méthane dans l'air diminue la masse volumique et explique alors la perte de portance des aéronefs ; si la concentration est suffisante, cela explique alors l'arrêt des moteurs à piston ou réacteurs.
Issus de la décomposition d'éléments organiques comme le pétrole et le charbon, comprimés par la grande profondeur et la température très basse de l'environnement, libérés lors de la création de failles par l'activité tectonique, on trouve aussi des gisements importants en mer du Nord où certaines plateformes de forage, navires et aéronefs ont été engloutis ou pulvérisés par le même phénomène. Cette thèse a récemment été renforcée par la publication des travaux d'Anatoli Nesterov, de l'Académie des sciences russe. Cependant, de l'aveu même de l'auteur, aucune preuve scientifique ne vient étayer cette hypothèse10.
On doit cependant noter que de nombreux récits font état de grains blancs dans ce secteur, comme le relate le film Lame de fond.
