Pas spécialement.
En gros, la différence se fait plus sur le public visé que sur une réelle distinction (même si, en général, il y a une différence - c´est logique...).
Le shonen est destiné à un public adolescent masculin. On peut y trouver des titres basés sur l´action et/ou l´aventure (HxH, Dragon Ball...), des titres un peu plus portés sur le sentimental (quelques titres de Katsura comme VGA ou I´´s, et les titres de Misturu Adachi (voire de Rumiko Takahashi)), et des trucs basés avant tout sur l´humour...
Depuis quelques temps, on peut voir des shonen un peu plus "adultes" dans les mags shonen (Death Note en est le parfait exemple).
Seinen, c´est plutôt destiné à un public plus vieux. Bien sur, on pourra séparer le young seinen, destiné à de jeunes adultes (genre Gantz...) du seinen destiné a n´importe quel papa, avec une histoire généralement un peu plus "fouillée" et des thèmes abordés plus sérieusement. Enfin bon, les limites entre genres sont ténues, et mieux ne pas trop s´en formaliser...