Ouais non mais c'est clair, le Sharingan ça commence à casser les couilles.
Non mais ça n'a jamais été dit que Madara avait eu "mal" malgré le MSE, vu le rouleau que Shodaime avait utilisé contre Madara (flashback, dans le chapitre raconté par Madara), c'est lui qui a dû faire en sorte que le MSE ne marche plus, il a dû utiliser un Keiyâ Fûuin comme Minato, mais en plus puissant, j'en suis même sûr.
Ce Fûuin a été suffisant pour supprimer l'emprise de Madara sur Kyûubi, et emprise utilisée via un Sharingan, donc voilà. De toutes les façons, aussi fort fut Shodaime, il n'aurait pas pu battre Madara MSE+Kyûubi contrôlé, il a dû sceller quelques trucs pour avoir un combat plus "abordable".
Nagato s'est suicidé/fait battre par Naruto, le vrai Nagato est mort, celui invoqué par l'Edo Tensei de Kabuto est bel et bien Nagato, sauf que là, il sera sous les ordres de Kabuto.
C'est un cadavre aussi, il a juste invoquer l'esprit de Nagato, et l'a "transféré" dans un corps qui avait été prévu (quand Anko le poursuit, elle retrouve des cadavres).