Euh, côté scénario, franchement, Zelda, c'est plus anecdotique qu'autre chose.
Metroid Prime 3, c'est "facultatif", puisque l'univers est incroyablement riche, mais pour ça faut scanner son environnement, et ça plait pas à tout le monde. Et mieux vaut avoir joué, compris et "exploré" les deux premiers opus.
Resident Evil 4, le scénario se laisse suivre, il est bon, je trouve, mais pas non plus excellent (enfin je cherche un peu à nuancer le truc... Disons qu'il est quand même très bon).
Sinon, y'a Fire Emblem, je pense, qui peut proposer un scénario intéressant...
Et puis y'a les jeux GC
Genre Tales of Symphonia, Baten Kaitos, Fire Emblem, Metal Gear Solid, les Prince of Persia (les trois réunis, sinon ils ne valent pas grand chose scénaristiquement parlant) et tous les autres multi-plateformes de ce genre.