Pour résumer l'écart de l'animé et du manga :
- La vraie mission de Saï est de tuer Sasuke mais il ne le fera pas. L'équipe de Naruto va affronter Sasuke puis ils vont se tirer (Orochimaru, Kabuto, Sasuke). Puis tout le monde rentre à Konoha
- Naruto s'entraînera pour apprendre une nouvelle technique mortelle de vent (Fuuton RasenShuriken -> technique supérieure au rang S)
- Deux nouveaux gars de l'Akatsuki seront tués dont un par la technique de Naruto
- Sasuke tue Orochimaru
- Sasuke monte une équipe nommée Hebi pour partir à la recherche d'Itachi.
- Plusieurs équipes sont nommées à Konoha pour partir à la recherche de Sasuke et de l'Akatsuki.
- Kabuto a mis dans son corps "les restes" d'Orochimaru.
- L'équipe de Deidara et de Tobi tombe sur Sasuke et l'affronte. Deidara se suicide dans une auto-destruction très puissante mais Sasuke s'en sort.
- On voit pour la première fois le chef de l'Akatsuki accompagné d'une femme de l'akatsuki. On apprend que Tobi est vivant, qu'il possède le Sharingan, que c'est Uchiha Madara et qu'il contrôle Pein
- Jiraya décide d'aller au pays de l'eau pour affronter Pein (un des anciens élèves de Jiraya). Il posséde le Rinnegan (le plus puissant des Dojutsu pouvant redonner la vie aux morts). Pein possède 6 corps qui terrasseront Jiraya qui aura rassemblé des informations précieuses avant de mourir.
- Sasuke retrouve Itachi et ils mènent enfin leur combat 