En fait, le chiisme est une branche de l'Islam. En principe, les chiites ne sont absolument pas différents des sunnites dans leurs pratiques, mais il existe certaines branches (comme chez les sunnites, d'ailleurs) qui sont relativement éloignés du "message" originel de la religion musulmane.
En ce qui concerne les Assassins, il faudrait se baser sur des livres d'histoire plutôt que sur un jeu pour en juger. Quant à Altaïr, je dirais donc qu'il est musulman chiite. Ça répond à ta question ?
Sinon pour répondre au premier post, à cette époque, on ne pouvait pas encore parler d'Empire Ottoman, la période se rapproche plus des Seldjoukides plutôt que des Ottomans ! ^^